Fakultas Ushuluddin dan Dakwah berdiri sejak 27 Desember 2018, berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 34 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Madura, khususnya pasal 11 s.d 14, tentang fakultas pada IAIN Madura. Peraturan Menteri Agama tersebut, ditindaklanjuti dengan terbitnya Keputusan Rektor IAIN Madura a.n Menteri Agama Republik Indonesia Nomor B-111/In.38/KP.07.6/01/2019 Tertanggal 25 Januari 2019 tentang Organ Pengelola IAIN Madura Masa Jabatan 2018-2022.

Program studi pada fakultas ini merupakan pecahan dari Jurusan Syari’ah IAIN Madura, yang sebelumnya telah terlebih dahulu menjadi bagian dari STAIN Pamekasan. Sesuai namanya, program studi pada fakultas ini terdiri dari program studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IQT), dan program studi Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI).

Sejak dibukanya Jurusan Syari’ah STAIN Pamekasan bersamaan dengan reformasi IAIN Pamekasan di bawah naungan IAIN Surabaya tahun 1997 menjadi STAIN Pamekasan, Jurusan Syari’ah hanya memiliki satu Program Studi yaitu Al Ahwal Al Syakhshiyyah (IQT) Akreditasi B. Dalam perkembangannya sejak tahun 2008, Jurusan Syari’ah dapat membuka Program Studi lagi yaitu Perbankan Syari’ah (PBS) akreditasi B, sehingga Jurusan Syari’ah berubah nama menjadi Jurusan Syari’ah dan Ekonomi pada tahun 2012.

Keberadaan PBS sangat mendongkrak jumlah mahasiswa di Jurusan Syari’ah dan Ekonomi, dan terus diminati oleh masyarakat. Pada tahun 2013 Jurusan Syari’ah diberi amanah untuk membuka program studi lagi yaitu Ekonomi Syari’ah (ES) dan Hukum Ekonomi Syari’ah (HES). Alhamdulillah peminat pun luar biasa, di tahun 2015 Jurusan Syari’ah dan ekonomi mendapatkan izin lagi pembukaan program studi Akuntansi Syariah, Ilmu Al Qur’an dan Tafsir (IQT), Komunikasi Penyiaran Islam (KPI).

Sejak 2014 Jurusan Syari’ah berbenah pada spesifikasi jurusan dan penambahan program studi, pada September 2015 terjadilah pemisahan jurusan menjadi Jurusan Syari’ah dengan program studi AHS, HES,  IQT dan KPI, sedangkan jurusan Ekonomi dan Bisnis Islam dengan program studi PBS, ES, dan AS.

Dalam perkembangannya, sejak akhir tahun 2018, Program Studi IQT dan KPI digabung dalam satu fakultas tersendiri, yaitu Fakultas Ushuluddin dan Dakwah, dengan tetap fokus pada visi dan misi guna mencetak para alumninya untuk menguasai bidang-bidang ilmu-ilmu Al-Qur’an, khususnya living qur’an, dan untuk mengkomunikasikan nilai-nilai Islam melalui berbagai bentuk pada berbagai profesi yang memungkinkan, seperti jurnalis, baik cetak maupun elektronik, dan lain sebagainya.

Fakultas juga berkomitmen memberikan layanan yang sama kepada kedua prodi tersebut, di mana prodi IQT menginginkan lulusan yang unggul, terkemuka, kompetitif dalam pengembangan kajian Ilmu Al-Quran dan Tafsir berbasis riset akademik yang profesional berdimensi keislaman dan keindonesiaan, sedangkan prodi KPI yang menginginkan lulusan yang unggul dan kompeten dalam menyiapkan ahli dalam bidang komunikasi dan penyiaran Islam yang profesional dan mandiri. Dalam rangka meningkatkan kompetensi mahasiswa sesuai dengan bidang keilmuan, selain selalu berbenah pada kurikulum, pemanfaatan beragam laboratorim, pembentukan konsorsium keilmuan yang terpenting juga dibidang praktik lapangan.

Setelah alih status, Prodi IQT sebagai cikal bakal Fakultas Ushuluddin dan Prodi KPI sebagai cikal bakal Fakultas Dakwah harus berupaya secara sinergis menatap masa depan dengan tetap mengedepankan persamaan dalam core kajian studi Islam, dan bukan perbedaan. Dalam perkembangannya, Fakultas Ushuluddin dan Dakwah membuka program studi baru, yaitu Ilmu Hadis.